Kurzfassung

Ein weites Feld nimmt in unserem Labor die Suche nach „Biomarkern“ ein, also solchen veränderten Protein- oder Peptidexpressionen, die in Korrelation mit einer Erkrankung verändert sind. Da die grosse Variabilität solcher Proteinmuster von Patient zu Patient berücksichtigt werden müssen, setzen wir fast ausschliesslich nur Verfahren ein, die sich auch für high-throughput Analysen eignen. Typischerweise wird das Protein-Profiling in unserem Labor mittels massenspektrometrischer Methoden...Ein weites Feld nimmt in unserem Labor die Suche nach „Biomarkern“ ein, also solchen veränderten Protein- oder Peptidexpressionen, die in Korrelation mit einer Erkrankung verändert sind. Da die grosse Variabilität solcher Proteinmuster von Patient zu Patient berücksichtigt werden müssen, setzen wir fast ausschliesslich nur Verfahren ein, die sich auch für high-throughput Analysen eignen. Typischerweise wird das Protein-Profiling in unserem Labor mittels massenspektrometrischer Methoden durchgeführt, z.B. Seldi-TOF (suface enhanced laser desorption in time of flight mass spectrometry) und Maldi-TOFTOF. Für die Profiling – Studien werden diese Geräte mit einer Robotic-Station gekoppelt, die die notwendigen Inkubations- und Pippetierschritte mit entsprechend hoher Wiederholungsgenauigkeit durchführt. Die Präfraktionierung der Proben erfolgt mittels Beads oder Nano-LC. Für die Biomarkersuche werden in unserem Labor entwickelte spezialisierte Softwarepakete eingesetzt.
Besonders wichtig ist uns beim Protein-Profiling die Optimierung der Analyse von Tränenflüssigkeit und Kammerwasser. Aufgrund der hohen Konzentration von z.B. Albumin und IgG im Serum, wird hier die Proteomanalyse weitgehend erschwert. Vielversprechender ist die Analyse von Körperflüssigkeiten, die „näher“ dem erkrankten Organ sind, um spezifische Veränderungen der Erkrankung erkennen zu können. Daneben bietet Tränenflüssigkeit aber auch für nicht-ophthalmogische Erkrankungen Vorteile, da man diese einfach (nicht-invasiv) erhalten kann und methodisch nicht so viele Probleme hat wie bei der Entfernung von Albumin und IgG aus dem Serum. In diesem Projekt sollen Tränenflüssigkeit, Kammerwasser und Serum von Glaukompatienten vergleichend analysiert werden.
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