Kurzfassung

Peptidanalytik stellt im Rahmen der Untersuchungen zur Herstellung und Präsentation von MHC Klasse- I Liganden eine zentrale Anforderung dar. Aus diesem Grund erfolgte durch das Institut für Immunologie die Anschaffung eines Q-TOF Premier Massenspektrometers im Rahmen eines HBFG-Antrags. In der letzten Antragsperiode des SFB 490 wurde eine massenspektrometrische Protein- und Peptidanalytik als Zentralprojekt integriert. In der Antragsperiode wurden einerseits erfolgreich Methoden zur...Peptidanalytik stellt im Rahmen der Untersuchungen zur Herstellung und Präsentation von MHC Klasse- I Liganden eine zentrale Anforderung dar. Aus diesem Grund erfolgte durch das Institut für Immunologie die Anschaffung eines Q-TOF Premier Massenspektrometers im Rahmen eines HBFG-Antrags. In der letzten Antragsperiode des SFB 490 wurde eine massenspektrometrische Protein- und Peptidanalytik als Zentralprojekt integriert. In der Antragsperiode wurden einerseits erfolgreich Methoden zur Identifizierung von MHC Klasse I Liganden etabliert und optimiert. Des Weiteren wurde für die massenspektrometrische quantitative Analytik komplexer Proben (z.B. subzelluläre Fraktionen oder virale Partikel) eine reproduzierbare, hochauflösende Trennmethode für Peptide im Kapillarmaßstab etabliert. Die hierfür eingesetzten, 1.7µm-Partikel-basierten Säulen werden über eine nanoAcquity UPLC betrieben und über eine nanoESI-Quelle direkt an das in der Arbeitsgruppe vorhandene Q-TOF Premier Massenspektrometer (Waters) gekoppelt wodurch ein im Vergleich zur konventioneller HPLC eine um den Faktor 3 erhöhte Sensitivität und eine um den Faktor 2 erhöhte Auflösung erreicht wird. Mit Hilfe dieses Systems wurde innerhalb der Arbeitsgruppe eine label-freie Methode für die quantitative Proteom-Analytik (Waters Protein Expression System) etabliert. Hiermit können bis zu 500 Proteine in einer Probe (aus wenigen µg Ausgangsmaterial) identifiziert und quantifiziert werden.. Für die Auswertung der massenspektrometrischen Daten stehen verschiedene bioinformatischen Ressourcen und Auswertemethoden zur Verfügung (ProteinLynx Global Server 2.3, Mascot, sowie verschiedene Statistik- und Datenbankapplikationen). Neben der quantitativen Analytik werden zurzeit auch Methoden für die Identifikation posttranslationeller Proteinmodifikationen (Phosphorylierung, Ubiquitinylierung) etabliert. Hierfür sind besonders die hohe Massengenauigkeit, Empfindlichkeit und Auflösung des eingesetzten Instruments von essentieller Bedeutung.» weiterlesen» einklappen